В питомниках применяют как органические, так и минеральные удобрения. На кислых почвах один раз в 6-8 лет проводят известкование. Известь вносят до посева семян или посадки подвоев. В травопольных севооборотах известь вносят непосредственно под травы (от 2 до 5 и более тонн на 1 га в зависимости от кислотности почвы). Минеральные удобрения вносят вместе с органическими. Соотношения и дозы вносимых удобрений зависят от почвенных условий.
Под культуру подвоев семечковых пород органическиё удобрения в виде перегноя в нечерноземной зоне вносят 60-80 г, а в центрально-черноземной зоне и южных районах, обеспеченных влагой,- 40-50 г, минеральных удобрений (азотных, фосфорных и калийных) - по 60-90 кг действующего вещества на 1 га. Перед Закладкой очередного поля питомника в нечерноземной зоне вносят органических удобрений до 50-60 т,. а в центральной Черноземной зоне и в южных районах, обеспеченных влагой,- -до 30-40 г, а в неполивных питомниках засушливых районов - 25 30 г минеральных удобрений (азотных, фосфорных и калийных) но 60-90 кг действующего вещества на 1 га.
Помимо основного удобрения, вносимого осенью под зяблевую вспашку, в питомниках дополнительно применяют подкормку растений во время вегетации. Наиболее часто применяют селитру, а из местных удобрений - навозную жижу, фекалий, птичий помет.
Подкармливают растения, когда они приживутся и начнут усиленно расти. Подкормка бывает особенно необходима на участках, заложенных подвоями второго разбора. Эффективно также раннее весеннее внесение азота на втором и третьем полях питомника. Объясняется это большой потребностью растений в азоте и малым содержанием в этот период в почве нитратного азота. Повторно подкармливают отстающие в росте растения.